Ngày 9 tháng 6 năm 1990, Nguyễn Năng thụ phong linh mục tại Nhà thờ chính tòa Xuân Lộc.[gc 1] Khẩu hiệu của tân linh mục là: Vì Ngài, con xin thánh hiến chính mình con (Ga 17, 19).[13] Sau khi được thụ phong, tân linh mục Giuse được bổ nhiệm làm linh mục chính xứ Thuận Hòa, Biên Hòa, và ông giữ chức vụ này đến năm 1998. Năm 1998, Giáo phận Xuân Lộc cử linh mục Giuse Nguyễn Năng đi du học Roma, và ông đã trở về Việt Nam với văn bằng Tiến sĩ Thần học Tín lý năm 2002.[8]

Sau khi về Việt Nam, từ năm 2003 đến năm 2005, linh mục Giuse Năng được chọn làm linh mục đặc trách Chủng sinh Xuân Lộc. Năm 2006, Giám mục Giáo phận Xuân Lộc chọn ông làm Giám đốc Ðại chủng viện Xuân Lộc.[14]